Il fut une époque où le Grand Orient de Belgique, le Grand Orient de France et la Maçonnerie anglo-américaine se reconnaissaient mutuellement. Mais la plupart des obédiences régulières cessèrent leurs relations avec eux à la suite de querelles concernant l'admission de non-croyants parmi les francs-maçons.

En Belgique, le conflit entre l'Église catholique romaine et la franc-maçonnerie amena le Grand Orient de Belgique à supprimer de ses rituels et documents toute mention du Grand Architecte de l'Univers dès 1875.

En France, dans une situation similaire qui voyait l'Église catholique, alors très majoritaire, condamner avec vigueur à la fois la franc-maçonnerie et les institutions républicaines de la France^[30], le Grand Orient de France commença par renoncer en 1877 à l'obligation, pour ses membres, de croire « en Dieu et en l'immortalité de l'âme ». Dix ans plus tard, il rendit facultative la référence au Grand Architecte de l'Univers dans ses rituels. Il les expurgea aussi en très grande partie des symboles et enseignements relevant d'une transcendance judéo-chrétienne^[31]. Suite à ces évolutions, la Grande Loge unie d'Angleterre, après plusieurs requêtes et démarches, le déclara irrégulier de par le monde^[32]. Elle fut au fil du temps suivie dans cette démarche par toutes les autres obédiences de son groupe et cette situation est toujours d'actualité aujourd'hui.

Toutefois, une étude américaine récente a démontré que le Grand Orient de France avait déjà commencé à perdre la reconnaissance de certaines Grandes Loges des USA dès 1869 pour d'autres raisons, liées à la politique raciale de ces grandes loges, et qu'inversement, il conserva des relations de reconnaissance avec 12 autres Grandes Loges américaines après 1918^[33].